Formalną datą powstania klubu, historycznie udokumentowaną, jest rok 1909. Wtedy to do Przemyśla dotarła pierwsza prawdziwa piłka futbolowa, którą przywieźli ze Lwowa działacze tamtejszego Towarzystwa Zabaw Ruchowych. Lwowiacy zapoznali chętnych z zasadami nieznanej wcześniej gry. Wkrótce powstała w Przemyślu pionierska drużyna piłkarska, którą założyli Z. Ritterschild i J. Theobald. Ci znani wówczas i zasłużeni sportowcy byli też głównymi inicjatorami powstania w mieście pierwszego klubu sportowego. Nowa organizacja powstała w jesieni 1909 r. i przyjęła nazwę "San" - Przemyśl znajdował się jeszcze w zaborze austriackim, nazwa "Polonia" nie mogła być więc akceptowana.
   Pierwsze oficjalne spotkanie piłkarze "Sanu" rozegrali w 1910 r. Rywalem był zespół "Slavii", złożony z Czechów i Słowaków odbywających służbę wojskową w garnizonie przemyskim. Drużyna "Sanu" przegrała "inauguracyjny" mecz 2-3. Warto dodać, że pierwsze spotkania rozgrywane były na podmiejskich błoniach. Już wtedy piłka nożna cieszyła się dużą popularnością, szczególnie wśród młodzieży, która coraz liczniej zaczęła wstępować w szeregi członków klubu, pomimo, że brakowało strojów, własnego boiska i szatni. W latach 1910 -1914 piłkarze "Sanu" rozegrali w sumie 26 spotkań, m.in. w 1914 r. wygrali z "Resovią" 2-1.
W okresie międzywojennym najwięcej sławy przyniosły "Polonii" sukcesy piłkarzy, którzy rozgrywali towarzyskie mecze z renomowanymi zespołami z kraju i zagranicy. W 1924 r. w Przemyślu gościła reprezentacja Konstantynopola (olimpijska reprezentacja Turcji), z którą piłkarze "Polonii" zremisowali 3-3. Rok później przemyślanie sprawili wielką sensację, wygrywając z mistrzem Austrii - Hokoa-chem. Na tarczy wyjeżdżają też z grodu nad Sanem najlepsze "jedenastki" klubowe z Węgier: Kispesti (3-1) i Ujpesti (6-1). Jeszcze większy rozgłos przyniosły "Polonii" mecze z najlepszymi przed wojną polskimi zespołami: zwycięstwo nad lwowską Pogonią 2-1 i remis 4-4 w meczu z pięciokrotnym mistrzem Polski - Ruchem Wielkie Hajduki (Chorzów). Nic więc dziwnego, że piłkarską drużynę Polonii powszechnie nazywano "Przemyską Barceloną".
   Niestety, pierwszoligowe marzenia piłkarzy i działaczy "Polonii" nigdy się nie spełniły, choć w latach 1929, 1933,1934 i 1936 "Przemyska Barcelona", jako mistrz okręgu lwowskiego, walczyła o awans do pierwszej ligi. Za każdym jednak razem bez powodzenia.
Na początku lat sześćdziesiątych władze miasta doceniły sukcesy "Polonii". Najstarszy przemyski klub otrzymał stadion przy ulicy Sportowej. Przy jego budowie zaangażowało się wielu sympatyków "Polonii", dzięki czemu już wkrótce na tym obiekcie można było oglądać nawet pierwszoligową Wisłę Kraków. W towarzyskim meczu zorganizowanym w ramach obchodów 50-lecia klubu, grająca w najsilniejszym składzie "Biała Gwiazda" wygrała z "Polonią" 4-2.
   Po spadku z II ligi (1953 r.) piłkarze przez 13 lat, z mniejszym lub większym powodzeniem, walczyli w lidze okręgowej. W zespole "Polonii" rozpoczynał swoją karierę mistrz olimpijski z Monachium, Marian Ostafiński. W kolejnych latach piłkarze nie odnosili już większych sukcesów. Od 1966 r. do 1971 r. występowali tylko w klasie "A", następnie (do 1976 r.) znów grali w klasie okręgowej. W 1974 r. pięciu najlepszych zawodników odeszło do przemyskiej "Polnej", która wówczas awansowała do III ligi. Od 1976 r. do 1993 roku futboliści "Polonii" występowali jedynie w IV lub V lidze, a w latach 1983 i 1984 należeli do czołowych drużyn klasy regionalnej, jednak dwukrotnie przegrywali baraże o awans do III ligi.
W 1990 r. "Polonia" Przemyśl połączyła się z przeżywającym kłopoty organiza-cyjno-finansowe sąsiadem zza miedzy -"Polną". Dzięki temu klub przejął jeden z najpiękniejszych stadionów w Małopolsce - obiekt przy ul. Sanockiej. Pozwoliło to również na prowadzenie działalności gospodarczej na stadionie przy ul. Sportowej, gdzie powstał jeden z największych bazarów na wschodzie Polski. Dochody z bazaru do dziś są głównym źródłem utrzymania klubu.
   W 1993 r. awans do trzeciej ligi wywalczyli piłkarze "Polonii", których trenowali wówczas Paweł Strzelecki i Ryszard Kogutkiewicz. Zespół z roku na rok umacniał swoją pozycję w rozgrywkach. W 1998 r. podopieczni R. Kogutkiewicza i Wiesława Dronia byli o krok od awansu do drugiej ligi. Niestety, w przedostatnim spotkaniu sezonu przegrali z Izolatorem Boguchwała i zwycięstwo nad liderem rozgrywek - Stalą Sanok nie wystarczyło, by awansować do II ligi.
   W roku jubileuszu, klub prowadzi działalność w trzech sekcjach: obok koszykówki i piłki nożnej "Polonia" ma również drużynę szachistów, grającą w lidze wojewódzkiej. Działacze "Polonii" dużą wagę przywiązują do sportu wyczynowego, nie zaniedbują jednak szkolenia młodzieży, co powinno przynieść efekty w przyszłości. Ogółem w klubie trenuje około 370 zawodników, z którymi pracuje 17 szkoleniowców.